～co.jpは会社に1つしかもてないと聞いたことはありますが、じゃあ会社でドメインの変更したいとき（引継ぎ）どうすればいいのですか？

http://jprs.jp/doc/rule/rule.html
規則では、ドメイン名の変更申請をすれば、
可能となっているようです。
半年は二つもっている時期があっても構わず、
その間に移転作業をするという感じですね。